您当前的位置:首页 > r

R语言 Bioconductor包的安装指南

转自 http://www.r-china.org

http://r-china.org/forum.php?mod=viewthread&tid=58&extra=page=1

 

一:安装基本的Bioconductor组件m5vlinux系统宝典
在BioC的官方网站上,存放着Bioc包的安装脚本,biocLite.R,每次需要安装BioC的包之前,我们运行该脚本。source是运行代码脚本的命令,可以是本地文件,可以是网络上的文件。需要你有流畅的网络链接m5vlinux系统宝典
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)

biocLite()

biocLite()是安装函数,相当于R中的常用的install.package命令,如果不传递需要安装的包的名称,那么则安装如下的组建。affy, affydata, affyPLM, affyQCReport, annaffy, annotate,Biobase,biomaRt, Biostrings, DynDoc, gcrma, genefilter,geneplotter, GenomicRanges, hgu95av2.db, limma,marray, multtest,vsn, 和 xtable. 在下载和安装完成之后,会打印 “Installation complete” 和TRUE.m5vlinux系统宝典
m5vlinux系统宝典
同时biocLite()也有其他的参数,控制安装。m5vlinux系统宝典
pkgs   字符,指定需要安装的包
m5vlinux系统宝典
destdir   文件系统路径m5vlinux系统宝典
lib   安装包的库

二:安装额外的包m5vlinux系统宝典
m5vlinux系统宝典
除了一种所描述的默认安装的包之外,R和Bioc有非常多的其他的包供安装,bioc包的分类参见[color=rgb(26,129, 194)]BiocViews,假设我们需要安装一个名为EBImage的包m5vlinux系统宝典
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)m5vlinux系统宝典
biocLite(“EBImage”)m5vlinux系统宝典
m5vlinux系统宝典
可以同时安装多个包m5vlinux系统宝典
biocLite(c(“pkg1″,”pkg2″))

三:升级安装的包m5vlinux系统宝典
Bioc的包尤其是那些开发版本的包,升级的非常频繁,如果需要同步更新的代码,需要升级。打开新的R。运行m5vlinux系统宝典
m5vlinux系统宝典
m5vlinux系统宝典
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)m5vlinux系统宝典
old.packages(repos=biocinstallRepos())
m5vlinux系统宝典
m5vlinux系统宝典
升级所有已经安装的包,运行m5vlinux系统宝典
m5vlinux系统宝典
m5vlinux系统宝典
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)m5vlinux系统宝典
update.packages(repos=biocinstallRepos(),ask=FALSE)m5vlinux系统宝典
m5vlinux系统宝典
请阅读update.packages的帮助文档,获得更多的信息。极少的情况下,需要重新编译bioc的包,为了兼容C或者Fortran,一个方法就是输入并且运行
m5vlinux系统宝典
m5vlinux系统宝典
m5vlinux系统宝典
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)m5vlinux系统宝典
pkgs <-rownames(installed.packages())m5vlinux系统宝典
biocLite(pkgs)m5vlinux系统宝典
m5vlinux系统宝典
这将重新安装所有目前的已安装包,大家需要注意,可能对带宽要求极高。一般不建议进行。



沪ICP备10206494号-4